Nintendo tarjoaa ilmaisen, 3D-grafiikoilla päivitetyn version Excitebike-pelistä. Nintendo 3DS:n päivittäminen onnistuu langattoman laajakaistayhteyden avulla.
Ensimmäinen iso järjestelmäpäivitys on ladattavissa Nintendo 3DS -viihdelaitteelle 7. kesäkuuta 2011. Päivittämällä Nintendo 3DS:n langattoman laajakaistayhteyden avulla, laitteen käyttäjät saavat käyttöönsä nettiselaimen ja Nintendo eShop -kauppasovelluksen, jonka kautta pääsee nauttimaan useista uusista ominaisuuksista.
Ilmaisen Pokédex 3D -ohjelman avulla voi ihailla Pokémon White ja Pokémon Black -pelien Pokémon-hahmoja täysin kolmiulotteisena. Juhlistaakseen Nintendo eShopin avajaisia Nintendo tarjoaa lisäksi alun perin 8-bittiselle NESille julkaistun Excitebike-pelin, joka on päivitetty 3D-grafiikoilla. Excitebike-peli on ladattavissa ilmaiseksi
7. kesäkuuta - 7. heinäkuuta välisenä aikana.
Uutta Virtual Console -sisältöä on luvassa, kun Game Boyn klassikot Super Mario Land, Alleyway ja Tennis saapuvat ladattavaksi. Uutta sisältöä on ladattavissa Nintendo eShopista joka torstai.
Laitteen päivittäminen onnistuu seuraavalla tavalla:
1. Valitse System Settings -vaihtoehto HOME Menu -valikosta.
2. Valitse OTHER SETTINGS.
3. Selaa listaa oikealle ja valitse SYSTEM UPDATE.