Mega Man Star Force -pelissä pelaajat tutkivat
kaupunkeja ja ovat vuorovaikutuksessa oikean maailman ihmisiin, kun taas
kaikki toimintapainotteiset taisteluosuudet keskittyvät virtuaaliseen
Aaltomaailmaan. Viholliskohtaamiset tapahtuvat 3 x 5 ruudun kokoisella
kartalla isometrisestä kuvakulmasta tarkastellen ja itse taistelut
tapahtuvat taistelukorttien (battle cards) käytöllä, joista jokaisella
on omat ominaisuutensa ja hyökkäysvoimansa.
Tarinan edetessä uusia kortteja tulee lisää ja näin myös kyky- ja
korttiarsenaali kasvaa hiljalleen, heijastaen samalla jokaisen pelaajan
henkilökohtaista pelityyliä. Pelaajat voivat myös ottaa langattomasti
yhteyttä kavereihinsa ja luoda Brother Band -verkoston, jossa voidaan
vaihtaa kortteja ja saada status-päivityksiä.