Tarina alkaa siitä, kun kaksoisveli ja -sisar pyörittävät pientä kahvilaa yhdessä äitinsä kanssa. Kaikki oli hiljaista ja rauhallista, kunnes eräänä aamuna kaksoset huomasivat, että heidän äitinsä oli vajonnut syvään uneen, josta hän ei näytä heräävän. Yhtäkkiä vanha velho ilmestyi ja hän kertoi kaksosille, että heidän äitinsä on vakavasti sairas ja voidakseen pelastaa hänet, heidän täytyy hoitaa ja kasvattaa lohikäärmettä.
Kaksoset saavat apua kolmelta oudolta ihmiseltä heidän henkilökunnastaan (tarjoilija, tarjoilijatar ja kokki). Heidän on autettava toisiaan kasvattamaan lohikäärmettä, huolehtimaan kahvilasta ja samalla ottamaan selvää, mikä on aiheuttanut heidän äitinsä sairastumisen, jotta he voivat löytää parannuskeinon.
Little Dragons Café on Harvest Moon -luojan Yasuhiro Wadan uusin peli.
Nintendo Co., Ltd. of Kyoto, Japan, on erityisesti luovuudestaan tunnustusta saanut maailmanlaajuinen interaktiivisen viihteen johtaja. Nintendon videopelejä on myyty maailmanlaajuisesti yli 5 miljardia kappaletta ja pelikonsoleita yli 790 miljoonaa kappaletta. Nintendo on luonut monia rakastettuja pelihahmoja kuten Mario ja Donkey Kong. Nintendo on myös julkaissut tunnettuja pelisarjoja kuten The Legend of Zelda, Metroid ja Pokémon. Nintendo valmistaa ja markkinoi Nintendo Switch, Wii U, Nintendo 3DS ja New Nintendo 3DS -pelikonsoleitaan sekä julkaisee pelejä ja lisätarvikkeita kyseisille pelikonsoleille.